生理、病理之树详细生动的介绍了人体的生理功能和病理变化。在树根上长出了两个树干---生理树干和病理树干，左边的是生理树干，是人们处于一个健康的状态，右边的则是病理树干。

生理树干上分生出三个树枝，共有2条树干、12条树枝、88片树叶另外还有两花三果实分别代表健康之花结出信仰与财富之果，长寿之花结出安乐之果。

第一个树枝上有15片叶子，蓝色代表“隆”，是气和风的意思，是主导人体全身机能活动的一种动力；黄色代表“赤巴”，是胆和热的意思，是主导人体热能的一种因素；白色代表“培根”，“培根”是我们人体所有湿性的总称。同中医学所讲的阴阳概念，中医说阴阳不平衡，会导致人体生病，而藏医学隆、赤巴、培根，这三者的增、减、紊乱，会导致人生病。

第二个树枝有七片树叶，代表的是组成人体的七种精华物质。人摄取的食物， 进行第一次精华和糟粕分离，精华物质变成食物精微，糟粕物质变成小便和大便排出体外；饮食精华进入肝脏，精华生成血液，成为润湿和维持生命的主要物质，血液经过分解生成肌肉，肌肉再经过分解，精华物质生成脂肪，脂肪进一步进行分解生成骨骼，骨骼再分解生成骨髓，骨髓进一步进行分解变成精液。

第三个树枝有三片树叶，代表人的三种排泄物，尿液、汗液和粪便。藏医学认为三因素，可以主导七精华和三糟粕保持一个常量，人体就处在一个健康的状态，可以看到高高的树冠上，开出了两朵非常艳丽的花朵——健康和长寿之花，人只有在健康的状态下，才能追求美满的生活。在这个基础上，又结出了三种果实：财富的积累、精神的修炼和人生的安乐，这也是人最完美的一种生存状态。

下面我们来看病理树干，当隆、赤巴、培根发生增、减、紊乱之后，就会形成损害机体的三种能量物质，被称为三病或者三害。病理树干上分生出9个树枝，分别为:疾病的根源（三毒即“贪、嗔、痴”）、发病的原因 （季节影响、饮食不当、起居不当、其他因素）、疾病的途径（藏医认为疾病的产生最开始是从皮肤-经络-肌肉-骨骼-五脏六腑）、发病的部位、发病的规律、疾病的结果、疾病的转化以及疾病的转归（寒热学说）。